Les systèmes agroforestiers caféiers haïtiens abritent des mélanges complexes de variétés d'arabica et une diversité génétique sous-estimée

L'étude a échantillonné 28 exploitations, 14 dans le Nord et 14 dans la Grande-Anse, réparties dans cinq communes (Bahon, Dondon et Grande Rivière du Nord dans le Nord ; Beaumont et Pestel dans la Grande-Anse). Les exploitations ont été choisies à partir d'une enquête de 2021 sur des systèmes agroforestiers caféiers diversifiés et non intensifs, menée par le programme PITAG, mis en œuvre par AVSF et le ministère de l'Agriculture. Les feuilles ont été prélevées en novembre et décembre 2021, les agriculteurs ont nommé les variétés qu'ils pensaient cultiver, et les échantillons ont été génotypés avec 96 marqueurs SNP de base (KASP) et un second jeu de marqueurs (HiPlex) conçu pour distinguer Typica et Bourbon, avec des accessions de référence de la collection du CATIE et d'autres.

Après filtrage, 724 individus ont été analysés sur 87 locus. La diversité génique des échantillons haïtiens (He 0,33) n'est que légèrement inférieure à celle des collections de référence (0,37) et varie surtout entre exploitations et au sein de chacune, sans structure significative par département (p = 0,431) ou par commune (p = 0,141). L'analyse identifie six groupes génétiques : de type Typica, Bourbon, CR95/Catimor, Kent/I-60, éthiopien, et un sixième groupe composé uniquement d'échantillons haïtiens qui ne correspond à aucune accession de référence. Sur les échantillons haïtiens, 407 ont été rattachés à une variété et 194 étaient issus de croisements. Quatre exploitations étaient monovariétales, toutes en Typica, tandis que 22 exploitations comptaient de deux à cinq groupes génétiques. Une exploitation du nord cultivait aussi C. canephora (robusta), dont les auteurs disent que la présence n'avait pas été signalée en Haïti.

Les noms de variétés donnés par les agriculteurs ne correspondent que partiellement aux groupes génétiques. Par exemple, 31 % des plants appelés Blou Monntenn appartenaient au groupe CR95/Catimor, et aucun plant du groupe Bourbon n'était appelé Bougon. Le savoir local distingue les exploitations monovariétales des exploitations diversifiées mais sous-estime le niveau de diversité. Les auteurs avancent que des variétés résistantes à la rouille introduites par des projets de développement se sont mélangées aux variétés traditionnelles sous une gestion à faibles intrants, et recommandent des études phénotypiques des arbres issus de croisements, l'étude des réseaux d'échange de graines et de plants, et éventuellement un centre haïtien de conservation des ressources génétiques. L'article indique qu'il est libre de tout droit d'auteur et disponible sous la dédicace du domaine public Creative Commons CC0.